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O coloboma resulta do fechamento deficiente da fissura embrionária, na fase intrauterina, durante o primeiro ou segundo mês de gestação. Consoante sua localização e extensão, o dano à visão poderá ser severo, ou não. Quando se limita à íris, não há problema, ao contrário do que ocorre quando a malformação atinge o nervo ótico e a retina.
Uma fissura unilateral de uma pálpebra superior é o tipo mais comum de coloboma palpebral.
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